益生菌進入體內要通過各種環境才能抵達腸道，不同菌種搭配得當可提升益菌存活率，專家建議以腸道生存範圍不同的3~5種菌株為最佳組合。北醫公共衛生學院院長陳怡樺受訪表示，益生菌「菌數絕對不是越多越好」，因為菌株要通過腸胃道，抵達以前會經過胃酸、膽鹽等考驗，留下來的活菌，能夠定殖繁殖才是好的。

根據《健康力新聞網》報導，益生菌菌種名稱後所標示的英文或數字，即是菌株名稱，例如LP33、BRAP-01、BR022、LGG等同益生菌的身分證字號。然而擁有小綠人標章的益生菌，在功效、品質都經過重大把關，且必須通過人體或動物實驗，所有的生產過程也受到嚴格管制。

北醫公衛院長陳怡樺強調，益生菌的「認證標章」是重要的判斷值，如同健康食品獲得「小綠人」健字號標章，就是政府認定具有功效性的產品。換句話說，有些產品雖然菌數高，可能反而會造成菌株之間「卡位」，沒辦法發揮作用，甚至部分產品為了追求菌數迷思，可能會添加體積小、容易繁殖，但保健功效差、價格低廉的菌種，這些添加菌恐怕九成都是沒效果的菌，較難攝取到像「比菲德氏菌」等專利菌株。

藥師王南淵補充，在台灣健康食品界可以拿到「小綠人標章」，至少要經過動物實驗或人體實驗等規格，而非隨意拿別人的文獻，指稱吃了A、B、C益生菌後就可以改善腸胃道。王南淵藥師舉例，某些業者聲稱的檢驗報告，僅含有重金屬含量、農業殘留數據等，比不上菌種獲得小綠人標章認可來的有公信力。